查尔斯达尔文大学一共拥有9大校区，除墨尔本和悉尼校区外，主要分布在澳大利亚北领地。查尔斯达尔文大学主要有四个校区为国际学生提供教育服务：卡苏阿瑞纳校区、滨水区校区、帕默斯顿校区以及悉尼校区。

卡苏阿瑞纳校区为查尔斯达尔文大学的主校区，位于达尔文的北部郊区，近卡苏阿瑞纳海滩，距离市中心14公里。该校区占地56公顷，内设先进的校园设施，例如：自然科学、工程、卫生、医学和药学专业实验室、椭圆形运动场、健身房和篮球场等。

滨水区校区是2014年新设的校区，此校区将高等教育和职业培训商学院融为一体，成为查尔斯达尔文大学新商学院。为商务、酒店管理和旅游专业的学生提供新的学习场所。

帕默斯顿校区，距离达尔文市中心20公里，开设有旅游、酒店与娱乐、保护与土地管理、销售与个人服务、商业、烹饪与烘焙领域的职业培训课程，还有商务、信息技术和图书馆研究课程。此校区职业培训课程的教学团队十分强大，其中包括屡获殊荣的总厨、面包师、环境科学家以及保护与土地管理、零售、美容疗法、美发以及旅游和酒店管理领域的专家。